چه باید بدانیم
- برخی از فایل های PDB فایل های پایگاه داده برنامه هستند.
- یکی را با یک ویرایشگر متن یا برنامه ای مانند Geneious باز کنید.
- با همان برنامه ای که فایل پایگاه داده خاص شما را باز می کند به فرمت دیگری تبدیل کنید.
این مقاله توضیح می دهد که یک فایل PDB چیست، چگونه می توان آن را باز کرد و چگونه آن را به فرمت دیگری تبدیل کرد.
فایل PDB چیست؟
یک فایل با پسوند فایل PDB به احتمال زیاد یک فایل پایگاه داده برنامه است که برای نگهداری اطلاعات اشکال زدایی در مورد یک برنامه یا ماژول، مانند یک فایل DLL یا EXE استفاده می شود. آنها گاهی اوقات فایل های نماد نامیده می شوند.
فایل مؤلفه ها و عبارات مختلفی را در کد منبع به محصول نهایی کامپایل شده خود نگاشت می کند، که دیباگر می تواند از آن برای یافتن فایل منبع و مکانی در فایل اجرایی استفاده کند که در آن باید فرآیند اشکال زدایی را متوقف کند.
برخی فایل‌های PDB ممکن است در قالب فایل بانک داده پروتئین باشند. اینها فایل‌های متنی ساده هستند که مختصات مربوط به ساختار پروتئین را ذخیره می‌کنند.
سایر فایل‌های PDB ممکن است در قالب Palm Database یا PalmDOC ایجاد شوند و با سیستم عامل تلفن همراه PalmOS استفاده شوند. برخی از فایل ها در این فرمت به جای آن از پسوند فایل. PRC استفاده می کنند. فرمت دیگری که از همین پسوند استفاده می کند Tanida Demo Builder است.
چگونه یک فایل PDB باز کنیم
برنامه های مختلف از فایل PDB خود برای ذخیره داده ها در نوعی قالب پایگاه داده ساختاریافته استفاده می کنند، بنابراین هر برنامه برای باز کردن نوع خود استفاده می شود.
Geneious، Quicken، Visual Studio و Pegasus تنها چند نمونه از برنامه هایی هستند که ممکن است از فایل به عنوان فایل پایگاه داده استفاده کنند. Radare و PDBparse نیز ممکن است کار کنند.
برخی از فایل‌های PDB به صورت متن ساده ذخیره می‌شوند، مانند فایل‌های پایگاه داده اشکال‌زدایی برنامه Geneious، و اگر در یک ویرایشگر متن باز شوند، کاملاً توسط انسان قابل خواندن هستند. شما می توانید این نوع فایل PDB را با هر برنامه ای که می تواند اسناد متنی را بخواند، باز کنید، مانند برنامه Notepad داخلی در ویندوز. برخی از بینندگان و ویرایشگرهای سازگار دیگر عبارتند از Notepad++ و Brackets.
سایر فایل‌های PDB اسناد متنی نیستند و فقط زمانی مفید هستند که با برنامه‌ای که برای آن در نظر گرفته شده باز شوند. به عنوان مثال، اگر نرم افزار شما به نوعی با Quicken مرتبط است، سعی کنید از آن نرم افزار برای مشاهده یا ویرایش آن استفاده کنید. ویژوال استودیو انتظار دارد یک فایل PDB را در همان پوشه فایل DLL یا EXE ببیند.
می توانید فایل های Protein Data Bank را در ویندوز، لینوکس و macOS با آووگادرو مشاهده و ویرایش کنید. این برنامه ها می توانند فایل را نیز باز کنند: Jmol، RasMol، QuickPDB و USCF Chimera. از آنجایی که اینها متن ساده هستند، می توانید یکی را در یک ویرایشگر متن نیز باز کنید.
Palm Desktop باید بتواند این فایل را در قالب فایل Palm Database باز کند، اما ممکن است لازم باشد ابتدا نام آن را تغییر دهید تا پسوند فایل PRC را داشته باشید تا برنامه بتواند آن را تشخیص دهد. کالیبر گزینه دیگری است.
برای باز کردن یک فایل PDB PalmDOC، STDU Viewer را امتحان کنید.
Tanida Demo Builder فایل‌ها را در آن قالب باز می‌کند.
چگونه یک فایل PDB را تبدیل کنیم
فایل های پایگاه داده برنامه را به احتمال زیاد نمی توان به فرمت فایل دیگری تبدیل کرد، حداقل با یک ابزار مبدل فایل معمولی. در عوض، اگر برنامه‌ای وجود داشته باشد که بتواند این نوع فایل را تبدیل کند، همان برنامه‌ای است که می‌تواند آن را باز کند.
برای مثال، اگر می خواهید فایل پایگاه داده خود را از Quicken تبدیل کنید، سعی کنید از آن برنامه برای انجام آن استفاده کنید. با این حال، این نوع تبدیل احتمالاً نه تنها کاربرد کمی دارد، بلکه در این برنامه های پایگاه داده پشتیبانی نمی شود (یعنی احتمالاً نیازی به تبدیل این نوع فایل PDB به فرمت دیگری ندارید).
فایل های بانک داده پروتئین
را می توان با MeshLab به فرمت های دیگر تبدیل کرد. برای انجام این کار، ابتدا باید آن را با PyMOL از File > ذخیره تصویر به عنوان > > به WRL تبدیل کنید. منوی ، و سپس فایل WRL را به MeshLab وارد کنید و از منوی File > Export Mesh As استفاده کنید تا در نهایت فایل PDB را به STL یا فرمت فایل دیگری.
اگر نیازی به رنگی بودن مدل ندارید، می توانید فایل را مستقیماً با USCF Chimera به STL صادر کنید (لینک دانلود در بالا است). در غیر این صورت، می توانید از همان روش بالا (با MeshLab) برای تبدیل PDB به WRL با USCF Chimera و سپس صادرات WRL به STL با MeshLab استفاده کنید.
تبدیل PDB به PDF یا EPUB، اگر یک فایل PalmDOC دارید، به روش‌های مختلفی امکان‌پذیر است، اما ساده‌ترین آنها احتمالاً استفاده از مبدل آنلاینی مانند Zamzar است. می‌توانید فایل خود را در آن وب‌سایت آپلود کنید تا گزینه تبدیل آن به آن فرمت‌ها و همچنین به AZW3، FB2، MOBI، PML، PRC، TXT و سایر فرمت‌های فایل کتاب الکترونیکی را داشته باشید.
برای تبدیل یکی به فرمت FASTA می توان با مبدل PDB آنلاین Meiler Lab به FASTA انجام داد.
همچنین امکان ذخیره این فایل در CIF (فرمت اطلاعات کریستالوگرافی) بصورت آنلاین با استفاده از PDBx/mmCIF وجود دارد.
هنوز نمی توانید آن را باز کنید؟
فایل هایی که با هیچ یک از ابزارهای بالا باز نمی شوند، احتمالاً در واقع فایل های PDB نیستند. آنچه ممکن است اتفاق بیفتد این است که شما پسوند فایل را اشتباه می‌خوانید. برخی از قالب‌ها از پسوندی استفاده می‌کنند که شباهت زیادی به PDB دارد، در حالی که واقعاً به هم مرتبط نیستند و یکسان کار نمی‌کنند.
به عنوان مثال، یک فایل PDF یک فایل سند است، اما اگر بخواهید با این برنامه های نرم افزاری یکی را باز کنید، اکثر برنامه های بالا متن و/یا تصاویر را به درستی ارائه نمی کنند. همین امر برای فایل‌های دیگر با پسوندهای فایل املای مشابه، مانند فایل‌های DBF، DB، ADP، PD، PDE، PDC، PDO و WPD صادق است.
PBD دیگری است که متعلق به برنامه EaseUS Todo Backup است و بنابراین فقط زمانی مفید است که با آن نرم افزار باز شود.
اگر فایل PDB ندارید، پسوند فایلی را که فایل شما دارد تحقیق کنید تا بتوانید برنامه مناسبی را که آن را باز یا تبدیل می کند پیدا کنید.
خواندن پیشرفته در فایل‌های PDB
می توانید اطلاعات بیشتری درباره فایل های پایگاه داده برنامه از GitHub و Wintellect بخوانید.
در مورد فایل‌های بانک داده پروتئین نیز اطلاعات بیشتری وجود دارد. به بانک اطلاعات پروتئین جهانی و PDB RCSB مراجعه کنید.
سوالات متداول
- وقتی Visual Studio قادر به یافتن یا باز کردن فایل‌های PDB نیست، چگونه آن را برطرف کنم؟ با استفاده از ابزار اشکال زدایی ویژوال استودیو.برو به Tools > Options > اشكال‌زدایی > Symbols سرورهای نماد مایکروسافت را انتخاب کنید
- چگونه یک فایل PDB را در Android باز کنم؟ برای باز کردن یک فایل PDB در Android، از یک فایل خوان شخص ثالث استفاده کنید. برنامه Cool Reader یا هر خواننده دیگری با فایل PDB را در Google Play دانلود کنید.
